El CECOAL fue organizado por el Dr. Argentino Aurelio Bonetto con la colaboración de un grupo de jóvenes como un centro para el estudio de los riesgos ambientales que podía generar la construcción de varias represas, por entonces en proyecto (Salto Grande, Yaciretá, Uruguaí, Corpus, Garabí). De esta forma, las líneas de investigación estaban referidas a limnología, calidad de aguas y biología pesquera. En este período se produjo casi un centenar de publicaciones en revistas científicas argentinas y extranjeras y estudios ecológicos para agencias nacionales e internacionales: Calidad de Aguas del Río Paraná (PNUD /ONU), Estudios limnológicos y ecológicos en los proyectos de Yaciretá y de Salto Grande (contratados por EBY y CARU, respectivamente), similares estudios en el Proyecto Paraná Medio (por la entonces Empresa de Agua y Energía Eléctrica); Investigaciones ecológicas en el sistema Iberá (Gobierno de la Provincia de Corrientes) y ecología de pasturas hidrófilas en el sistema de los Bajos Submeridionales (CFI-Prov. del Chaco).

Desde 1985 a la fecha, bajo la dirección del Prof. Juan José Neiff, el CECOAL ha avanzado hacia una consolidación institucional que mereció el reconocimiento al final de la evaluación internacional realizada años atrás por el CONICET.

La diversificación de líneas de investigación para cubrir los temas ambientales y paleoambientales globalmente, el incremento sustancial en el número de investigadores y becarios en relación al número de técnicos, el incremento de la producción científica en revistas con arbitraje externo, la producción de numerosos libros y el mejoramiento profesional mediante tesis de postgrado son logros del personal, alcanzado superando numerosas limitaciones que vivió el país desde la década del ochenta.
A partir de 1999 se integró al CECOAL el PRINGEPA (Programa de Investigaciones Geológicas y Paleontológicas) cuyos investigadores están abocados al conocimiento de los ecosistemas en tiempos pretéritos. La reconstrucción paleoambiental a partir del estudio de los fósiles es una herramienta imprescindible para la comprensión de los fenómenos de cambio climático que pudieron ocurrir en el pasado y que llevaron al diseño de distribución de las faunas y floras actuales. En el mismo sentido, el conocimiento de la distribución de la flora y de la fauna en el pasado y de los factores condicionantes, constituyen la base para avanzar en proyectos de protección y reinserción de elementos faunísticos en proceso de retracción o afectados por extinciones locales.
Tambien en 1999 se integra a CECOAL la Colección Paleontológica que fue creada y administrada por el Dr. Rafael Herbst y colaboradores en 1968. Es una colección de referencia a nivel regional, nacional e internacional. Esto se ve reflejado en las constantes y numerosas visitas de investigadores nacionales e internacionales, con el objeto de estudiar algunos de los ejemplares allí depositados, incluyendo materiales TIPO. La Colección se encuentra en proceso de informatización, en el marco del proyecto GBIF (Global Biodiversity Information Facility) para facilitar la vinculación, el acceso y la consulta de los materiales por parte de otros investigadores.
Las acciones de transferencia, mediante prestación de servicios técnicos calificados (STAN) para empresas líderes como TAYLOR Eng. (EEUU); GOLDER & ASOC. (Canadá); SHELL C.A.P.S.A. Forestal, PECOM Forestal; Grupo LAS MARIAS; TAPEBICUA S.A.; HALCROW GROUP LTD. (Inglaterra); GARRUCHOS S.A.; POMERA MADERAS; Consorcio CONSULAR–INCOCIV-IATASA; YACILEC S.A.; HIDROVIA S.A. por sí, o a través de la Universidad Nacional del Nordeste, reflejan un prestigio bien ganado y reconocido en el área ambiental. La participación de nuestros profesionales en proyectos internacionales como el Gasoducto Transfronterizo (ARCAN S.A.), el proyecto de la Hidrovía Paraguay- Paraná (PNUD-ONU), el proyecto del Gran Chaco Americano (The Nature Conservancy-Fundación Vida Silvestre Argentina); El estudio de Linea de Base Ambiental y Social de la Cuenca del Rio Pilcomayo (Comisión Trinacional del Rio Pilcomayo/Unión Europea); Proyecto del Puente Reconquista-Goya, sobre el río Paraná, dan cuenta que el CECOAL mantiene y acrecienta su compromiso con la región. Así lo entendió el Honorable Senado de la Nación Argentina, que declaró de Interés las actividades del Centro y posteriormente, en 2004 la Honorable Cámara de Diputados de la Nación declaró de Interés las investigaciones del CECOAL en los humedales del Iberá.

Las acciones de asesoramiento a la H. Cámara de Diputados del Chaco en la ley de pesca y otras normas y a la H. Cámara de Diputados de Corrientes en varias leyes, mereció el reconocimiento legislativo en sendas declaraciones de Interés Parlamentario.

Hoy el CECOAL es un centro de referencia a nivel nacional e internacional en los temas ambientales y paleoambientales en proyectos de desarrollo que implican a la región NEA.